Джон Гудмен родился 20 июня 1952 года в Нижнем Эффтоне — недалеко от Сент-Луиса, штат Миссури в семье почтового служащего. Его отец умер от сердечного приступа, когда Джонни было два года. Его матери Вирджинии Гудмен пришлось воспитывать трёх детей (младшую сестру Бетти и старшего брата Лесли) в одиночку. Со школьного возраста Джон принимает участие в школьных постановках. В 1968 году состоялся его театральный дебют. В 1970 году Гудмен поступил в местный колледж, откуда потом перевёлся в Юго-Западный университет штата Миссури. На протяжении учёбы его старший брат Лесли Гудмен всячески помогал Джону, позволяя ему не думать о деньгах и сосредоточиться на будущей карьере актёра. В 1975 году Джон Гудмен закончил колледж со степенью по актёрскому мастерству. После колледжа Джон Гудмен принимает решение переехать в Нью-Йорк. На первых порах Гудмену приходилось зарабатывать деньги, участвуя в детских театральных постановках и даже поваром в театре.